ג'ל אלקטרופורזה

בבסיס ההפרדה עומדת עובדה פשוטה: חומצות גרעין נושאות מטען שלילי אחיד, ולכן קצב נדידתן בשדה החשמלי נקבע כמעט אך ורק לפי גודלן, כאשר מקטעים קצרים חולפים דרך המטריצה מהר יותר. את סוג המטריצה מכתיבה המולקולה הנבדקת — ג'ל אגרוז מתאים לחומצות גרעין בטווח רחב של גדלים, ואילו ג'ל פוליאקרילאמיד, בעל נקבוביות עדינה בהרבה, נדרש להפרדת חלבונים ולהבחנה בין מקטעי DNA קצרים הנבדלים בבסיסים בודדים. בחלבונים המטען אינו אחיד מלכתחילה, ולכן מוסיפים SDS שמעניק לכולם מטען שלילי פרופורציוני לאורך ומאפשר הפרדה לפי גודל בלבד.

את בחירת הריכוז מכתיב טווח הגדלים המבוקש: ג'ל דליל מפריד היטב מקטעים ארוכים, וג'ל מרוכז נדרש להפרדת מקטעים קצרים. בנוסף, הכנת הג'ל ויציקתו באופן עצמאי זולה יותר ומאפשרת גמישות בריכוז ובמספר הבארות, בעוד ג'לים מוכנים מראש חוסכים זמן הכנה ומקטינים שונות בין ריצות, ולכן נפוצים בעבודה שוטפת בעלת נפח גבוה. גם צביעת ה-DNA היא החלטה בפני עצמה: אתידיום ברומיד עדיין בשימוש אך מחייב טיפול כפסולת מסוכנת, ולצידו קיימות חלופות פלואורסצנטיות המוגדרות בטוחות יותר, שחלקן מוספות לג'ל מראש וחוסכות שלב צביעה נפרד.

לפני רכישה חשוב לוודא שהג'לים המוכנים תואמים לתא ההרצה הקיים, שכן מידות הקסטה, מספר הבארות ומיקומן משתנים בין יצרנים ואינם ניתנים להתאמה. אורך הג'ל וכיוון ההרצה משפיעים על רמת ההפרדה, ולכן תא קצר מוגבל ביכולתו להפריד מקטעים קרובים בגודלם. כדאי לבדוק גם אם ספק הכוח הקיים מספק את המתח והזרם הנדרשים, ובבחירת סולם גדלים לוודא שהטווח שלו מכסה את התוצר הצפוי ושהוא נראה בשיטת הגילוי שבשימוש.