אבחון מולקולרי

רוב הבדיקות המולקולריות בנויות משלושה שלבים: הפקת חומצות גרעין מהדגימה, הגברה של רצף מטרה וזיהוי האות. את הזיהוי מבצעים לרוב ב-qPCR עם פרוב מסומן, המספק תשובה כמותית תוך שעות, אך קיימות גם שיטות הגברה איזותרמיות (כמו LAMP) הפועלות בטמפרטורה קבועה ואינן מחייבות מכשיר PCR, ולכן מתאימות לבדיקות בנקודת הטיפול (POC). בקצה האחר נמצא ריצוף, המשמש כשנדרש מידע על הרצף עצמו ולא רק על נוכחותו — למשל בזיהוי מוטציות בגידול או באפיון זני נגיף. בכל מערכת כזו נדרשת בקרה פנימית המלווה כל דגימה, שכן מעכבים שנותרו לאחר ההפקה עלולים לדכא את התגובה ולהתבטא כתוצאה שלילית שגויה.

את בחירת המערכת מכתיב אופי העבודה במעבדה. מערכות סגורות מסוג Sample to Answer מבצעות את כל השלבים בתוך מחסנית אטומה, מצמצמות מגע ידני ואת סכנת הזיהום הצולב, ומתאימות לבדיקות דחופות בנפח נמוך; מערכות פתוחות בפורמט פלטות זולות יותר לבדיקה ומאפשרות פיתוח בדיקות עצמאי, במחיר עבודה ידנית רבה יותר ותשתית מתאימה. במקביל יש להכריע בין פאנל רב-מטרות, המזהה עשרות מחוללים במקביל ומקצר את זמן האבחנה, לבין בדיקה ממוקדת הזולה משמעותית לכל דגימה.

לפני רכישה חשוב לוודא את הסטטוס הרגולטורי של הערכה, שכן בדיקה מאושרת IVD מגיעה עם ולידציה של היצרן, ואילו בדיקה במעמד RUO או בדיקה שפותחה במעבדה (LDT) דורשות מהמעבדה לבצע את תהליך הולידציה בעצמן. כדאי לבדוק מראש לאילו סוגי דגימה ומדיות הובלה הערכה מאומתת, מכיוון שהתאמה חלקית מחייבת אימות נוסף. שיקול מרכזי הוא מודל העלות: מערכות סגורות כרוכות לרוב במחסניות ייעודיות בלבד, ולכן מחיר הבדיקה ידוע מראש אך נעול לספק אחד. לצד זה יש לוודא רציפות אספקה וזמינות שירות בארץ, מפני שהשבתה של מערכת אבחון פעילה משביתה שירות קליני ולא רק ניסוי.