הכנת ספריות ל-NGS

בהכנת ספריות לריצוף חוזרים אותם שלבים ברוב הפלטפורמות: פרגמנטציה של DNA או RNA למקטעים, תיקון קצוות וחיבור אדפטורים, ולרוב גם הגברה בשלב PCR. את שלב הפרגמנטציה אפשר לבצע מכנית בסוניקציה אקוסטית או אנזימטית (Tagmentation), כאשר השיטה האנזימטית מקצרת את הפרוטוקול ודורשת פחות חומר התחלתי, ואילו פרגמנטציה מכנית מספקת פיזור גדלים אחיד יותר ורגישה פחות להרכב הרצף. האדפטורים נושאים את האינדקס המאפשרים לאחד כמה דגימות בריצה אחת (Multiplexing), ובעבודה עם אינדקסים כפולים (Dual Index) מצטמצמת תופעת זליגת אינדקסים (Index Hopping).

לפני רכישה חשוב לוודא תאימות מלאה של האדפטורים למכשיר הריצוף שבשימוש, ולבדוק את מספר המזהים הייחודיים מול מספר הדגימות המתוכנן בריצה. משך הפרוטוקול ומספר שלבי הניקוי משפיעים ישירות על תפוקת העבודה, וקיימות גרסאות עם פחות שלבי העברה בין מבחנות שנוחות יותר לאוטומציה. כדאי לברר גם אילו ריאגנטים נלווים אינם כלולים בקיט, כמו בידים לניקוי או קיט לכימות הספרייה, מכיוון שאלה מצטרפים לעלות לדגימה.