טיהור חלבונים

את ההפרדה מבצעים בכמה מנגנונים המשמשים לרוב בזה אחר זה. כרומטוגרפיית זיקה (Affinity) נשענת על קשירה ספציפית לתגית או לליגנד, ולכן היא הסלקטיבית ביותר ומשמשת כשלב הלכידה הראשון — למשל שרף ניקל לחלבון נושא תגית His או חלבון A לנוגדנים. חילוף יונים מפריד לפי מטען ולכן רגיש ל-pH של הבופר ביחס לנקודה האיזואלקטרית של החלבון, וכרומטוגרפיה בפאזה הפוכה או באינטראקציה הידרופובית מפרידה לפי הידרופוביות. בסוף התהליך מקובל שלב סינון ג'ל (SEC), המפריד לפי גודל ומשמש להוצאת אגרגטים ולהחלפת הבופר הסופי. ההיגיון בסדר הזה הוא מעבר מנפח גדול ועומס גבוה אל נפח קטן וטוהר גבוה.

את בחירת השרף מכתיבים היקף העבודה והשלב בתהליך. שרפים בעלי קיבולת גבוהה חוסכים מחזורי הרצה כשעומס החלבון גדול, ואילו חלקיק קטן יותר משפר את חדות ההפרדה במחיר לחץ גבוה יותר על המערכת. בצד הפורמט, עמודות מוכנות מראש נוחות ומספקות הדירות בין ריצות, בעוד שרף ב-Bulk זול משמעותית ומאפשר לבחור את מידות העמודה. בעבודה בקנה מידה קטן, למשל בבדיקת תנאים או בטיהור מהיר של דגימה בודדת, משמשים גם עמודות מזרק וטיפים ממולאי שרף, שאינם מחייבים מערכת כרומטוגרפיה כלל.

לפני רכישה חשוב לוודא תאימות בין העמודה למערכת הקיימת — מחברים, לחץ עבודה מרבי ונפח מת של המערכת, שכן נפח מת גדול מטשטש את ההפרדה בעמודות קטנות. כדאי לבדוק את עמידות השרף בתנאי הניקוי המתוכננים, ובעיקר בנתרן הידרוקסידי המשמש לחיטוי, ואת מספר המחזורים שהיצרן מתחייב עליהם, מכיוון שזה הנתון שקובע את העלות האמיתית לריצה. בעבודה המיועדת לייצור נדרש תיעוד מלא הכולל נתוני שחרור חומרים ואישור התאמה, ורצוי לבחור שרף שקיים גם בממדי ייצור, כדי שהאפיון יישאר תקף בהגדלת הסקאלה.